Die Pfarre St. Stephan ist die älteste der drei Amstettner Pfarren. Gegründet von Passauer Bischöfen im 11. Jht. war sie vermutlich ein Gegenpol zur Salzburger Gründung Winklarn, wo 837 bereits eine Kirche stand.

Aus der Pfarre St. Stephan gingen im Laufe der Zeit einige der umliegenden Pfarren hervor (Viehdorf, St. Georgen/Ybbsfeld). Bedeutung erlangte Amstetten erst durch den Bau der Westbahn (1858) und der Kronprinz Rudolf-Bahn (1872). Das Wachstum der Bevölkerung führte 1939 zur Gründung der Pfarre Herz Jesu, an deren Kirche seit der Jahrhundertwende gebaut wurde. 1971 wurde auf dem Krautberg die Seelsorgsstation St. Michael errichtet. 4 Jahre später fand die zweite Teilung der Pfarre statt. Das südliche Pfarrgebiet gehört seither zur Pfarre St. Marien. Am 5. Juli 2009 wurde die Seelsorgestation am Krautberg geschlossen. Seit 1. September 2009 ist Pfr. Bösendorfer auch Titularpfarrer von St. Marien. Mit 18. April 2022 wurde die Pfarrpartnerschaft mit St. Marien errichtet. Die beiden Pfarren bleiben eigenständig, seelsorglich arbeiten sie aber eng zusammen.