Kanonikus Heinrich Pichler erkannte Ende der 60er Jahre, dass sich die Stadt Amstetten südlich der Ybbs weiter entwickeln und ausdehnen wird, und wollte daher dort eine neue Pfarre errichten. Nach langwierigen Verhandlungen konnte gegenüber des Allersdorfer Kindergartens ein passendes Grundstück erworben werden. Das Konzept für Kirche und Pfarrzentrum wurde am 14. Juni 1974 von Diözesanbaumeister Johann Kräftner vorgelegt. Die Grundsteinlegung erfolgte am 20. Oktober 1974. Am 4. Juli 1976 fand das Kirchweihfest statt. Die Weihe erteilte der Diözesanbischof Dr. Franz Zak. Pfarrer Karl Gravogl wurde zum Pfarrer bestellt. Die Innenausstattung der Kirche entwarf Prof. Robert Herfert. 1994 kam der Kreuzweg, Acryl auf Karton, von Prof Manfred Seibt dazu.

Am 20. August 2000 verstarb Pfarrer Karl Gravogl unerwartet. Pfarrer Franz Halbertschlager übernahm die Leitung der Pfarre. Seit 1. September 2009 ist Mag. Peter Bösendorfer Titularpfarrer der Pfarrgemeinde St. Marien. 2014 erfolgte ein großer Umbau des Pfarrzentrums und 2018 musste der Kircheninnenraum nach einem Wasserschaden komplett renoviert werden. Mit 18. April 2022 ging die Pfarre St. Marien eine Pfarrpartnerschaft mit St. Stephan ein.