Der Kirchenpatron unserer Kirche, die wohl zu den schönsten und ältesten Bauten Amstettens zählt, führt uns - wie in allen Stephanspfarren - nach Passau. Anfang des 11. Jh. gründeten die Passauer Bischöfe hier eine Großpfarre, aus der im Laufe der Geschichte viele der umliegenden Pfarren hervorgingen.

Von der Baugeschichte der gotischen Staffelkirche wissen wir:
An einen romanischen Bau, der in den Ausmaßen etwa das heutige Mittelschiff umfaßte und einen kleineren Chorraum besaß, wurde im 14. Jh. zunächst eine Kapelle angebaut. Sie war schon damals der schmerzhaften Muttergottes geweiht und ist heute der vordere Teil des nördlichen Seitenschiffes, wo der Marienaltar steht. Der nächste Bauabschnitt war der Neubau des Langhauses samt dem nördlichen Seitenschiff. Der Turm, dessen unterer Teil sicher vom Vorgängerbau stammt, stand bis dahin frei an der Westseite der Kirche angebaut. Er wurde im Süden erst verbaut, als das Seitenschiff hochgezogen wurde. Um 1450 entschloß man sich, den Turm auch im Norden zu verbauen - so entstand die heutige Taufkapelle. Der Umbau der Kirche wurde durch einen spätgotischen Chor abgeschlossen, der das Hauptschiff um einige Meter überragt. An den neuen Chorraum schließt sich in Verlängerung des Südschiffes die Sakristei an. Der Turm, der 1787-89 erhöht und mit einem barocken Helm versehen worden war, erhielt 1882 seine heutige neugotische Form. Seine Höhe beträgt bis zum Knauf des Kreuzes 43 m.

Von der Einrichtung der Kirche sind die Altäre, neugotische Schnitzwerke, bemerkenswert. Der Hochaltar stammt vom Südtiroler Künstler Franz Schmalzl aus St. Ulrich im Grödental, der ihn 1898 entworfen und 1901 aufgestellt hat: Im Mittelschrein sieht man das Martyrium des hl. Stephanus, links die Statuen der hll. Petrus, Laurentius und darüber Johannes d. Täufer, rechts die hll. Florian, Paulus und darüber Johannes d. Evangelist. über dem Schrein sind die hll. Joachim (links) und Anna (rechts) zu sehen, dazwischen steht die spätgotische Statue der hl. Maria; ganz oben ist der hl. Josef dargestellt. Die Anordnung der Heiligenfiguren deckt sich mit jener am vorhergehenden Barockaltar, den der aus Innsbruck stammende, hier ansässige Tischler Thomas Obererlacher im Jahre 1679 gebaut hatte. Von diesem Altar sind die Statuen der hll. Petrus, Paulus und Josef (an den Säulen im Mittelschiff), sowie des hl. Laurentius (unter dem Chor) erhalten geblieben.

Die Seitenaltäre hat Josef Kepplinger aus Ottensheim 1889 entworfen und ausgeführt: Im Mai 1889 konnte der Marienaltar im linken Seitenschiff mit der Statue der hl. Maria von Lourdes, von Engeln flankiert, darunter die Figuren der hll. Johannes Nepomuk (links) und Rochus (rechts), ganz oben eine Christusstatue, geweiht werden. Am rechten Seitenaltar, der seine Weihe im Februar 1891 erhielt, bildet die Herz Jesu-Statue das Zentrum, die seitlichen Figuren stellen die hll. Christophorus und Thomas (links), sowie Sebastian und Nikolaus (rechts) dar.

Der Volksaltar stammt vom ehemaligen Hochaltar der Pfarrkirche St. Georgen i. d. Klaus, gefertigt 1886 von Josef Untersberger aus Gmunden.

Die Holzplastik "Christus an der Geißelsäule" in einer Nische im Spitzbogen neben dem rechten Seitenaltar stammt aus dem 17. Jh.

An beachtenswerten Bildern besitzt unsere Kirche: Die "Himmelfahrt des hl. Nikolaus" von Bartolomeo Altomonte, signiert 1732 (im Altarraum links), die "Vierzehn Nothelfer", von Johann Georg Staindorffer 1680 gemalt, und das "Dreifaltigkeits-Bild" vom barocken Hochaltar (im Altarraum rechts). Die Kreuzwegbilder hat der Seitenstettner Maler Anton August Stern in den Jahren 1869-1872 gemalt, der sie, wie die Signatur auf der 14. Station beweist, dem Führich-Kreuzweg in der Johannes Nep.-Kirche in Wien nachempfunden hat.

Seit der Außenrenovierung 1975 sind die schönen Grabsteine, die bis dahin im Freien der Witterung ausgesetzt waren, in der Kirche und in der Taufkapelle aufgestellt. Unter ihnen ist auch jener des Andreas von Lappitz.

Die alte Orgel ist ein Werk des Ottensheimer Meisters Leopold Breinbauer, der sie 1898 in das barocke Gehäuse der von Lorenz Franz Richter aus Freistadt 1763 erbauten alten Orgel einbaute. Sie hat 2 Manuale, 20 Register und 1387 Pfeifen. Seit 2011 besitzt die Kirche eine neue virtuelle Orgel, deren Spieltisch im Altarraum aufgestellt ist. Sie hat 4 Manuale und kann die Orgeln von Haverhill (GB), Zwolle (NL) und Caen (F) wiedergeben.

Schließlich lohnt sich noch ein Blick in die Taufkapelle neben dem Turm. Der 12-seitige Taufstein stammt aus dem 15. Jh. Der neugotische Aufsatz, vom selben Meister wie die Seitenaltäre ausgeführt, beherbergt eine Darstellung der heiligen Dreifaltigkeit. Die Halbreliefs zeigen biblische Szenen der Errettung aus Wasser. Auf die Innenseite der Aufsatzflügel hat Ludwig Hase aus Linz zwei biblische Taufen gemalt. Die Freskenspuren an Wänden und Decke, zeitlich um 1480 angesetzt, lassen Darstellungen der Evangeliensymbole, des Jüngsten Gerichts, der armen Seelen im Fegefeuer und Teile der Ursula-Legende erkennen. Die Wandgemälde weisen auf die ursprüngliche Verwendung als Totenkapelle hin. Die beiden modernen Glasbetonfenster, von Albert Birkle 1964 geschaffen, zeigen folgende Motive: die siebenfältige Ausgießung des hl. Geistes auf die Kirche (im Norden) und das Lamm auf dem Buch mit den sieben Siegeln (im Westen).

In einer Überdachung an der westlichen Außenseite der Kirche ist das Fresko "Jüngstes Gericht" (um 1480) zu sehen.

Von den 4 Glocken mit den Tönen C, E, G und A (Salve regina) stammt die älteste aus dem Jahre 1728, gegossen von Silvius Creuz in Linz. Die anderen drei wurden 1957 in St. Florian hergestellt.

Glocken Vollgeläute